ps2pdfを複数同時に実行するとエラーになるのでgsにしてみた。
//これを間髪おかずに2つ以上実行すると変なエラーになるので
ps2pdf -dEPSCrop -dPDFA -sProcessColorModel#DeviceCMYK -dPDFSETTINGS#/prepress sample.eps sample.pdf
//こうしてみたらイイカンジ
gswin32c -dNOPAUSE -dBATCH -dEPSCrop -sDEVICE=pdfwrite -dPDFA -sProcessColorModel=DeviceCMYK -dPDFSETTINGS=/prepress -sOutputFile=sample.pdf -f sample.eps
これだけオプションつけるなら直接gs使っても同じだね・・・